تم تأسيس مكتبة متخصصة في مجال العلوم البحرية بالمركز بغرض توفير مصادر المعلومات وتنظيمها وتقديمها للباحثين المتخصصين والدارسين وطلاب الجامعات والمهتمين بمجال علوم البحار بصفة عامة والأحياء البحرية بصفة خاصة ، وتقدم المكتبة العديد من الخدمات من أهمها خدمات الإعارة، والإرشاد المرجعي، والإحاطة الجارية ، بالإضافة إلى خدمات البحث عبر شبكة المعلومات الدولية.